大气、水污染按季度申报环保税填写报表时，需要根据污染物排放量计算方法去选择对应的模块和附表，具体情况如下：
1、自动监测、监测机构监测方法下，填写①第一步中环境保护税税源信息（主表）表头，同时还需增行录入税源基础信息，②第一步中附表一大气、水污染基础信息采集表，③第二步中大气、水污染监测计算采集表；
2、物料衡算方法下，填写第一步中环境保护税税源信息（主表）表头，同时还需增行录入税源基础信息，②第二步中大气、水污染监测计算采集表；
3、排污系数方法下，填写①第一步中环境保护税税源信息（主表）表头，同时还需增行录入税源基础信息，②第一步中附表四产排污系数基础信息采集表，③第二步中大气、水污染监测计算采集表。
注意：排污系数法填写顺序特殊：主表填写表头后，先填附表四，再回到主表采集排放口。
4、抽样测算方法下，填写①第一步中环境保护税税源信息（主表）表头（无需采集排放口信息），②第二步中抽样测算计算采集表。