合伙企业分支机构的生产经营所得个税，预缴时在分支机构所在地预缴，年度汇总时选择总机构、分支机构或其他有经营所得的地方，任选一地进行汇算清缴。
对于合伙企业分支机构经营所得个税问题，目前是没有规定的。按照实务中一般处理，是直接在分支机构先预缴（按照投资人在总公司的比例，按照每个合伙人分别来计算经营所得个税），然后年度合伙人做汇算清缴。合伙企业的汇缴是以每个合伙人为主体来做的，将每一个合伙人的总机构收入和分支机构收入汇总填写汇算清缴的表（生产经营所得C表）。