增值税期末留抵退税申请表中起止时间，根据经营期区分以下情况填写：

1、申请退税前经营期满12个月，起止时间填写申请退税前12个月的起止时间；

2、申请退税前经营期不满12个月但满3个月的，起止时间填写实际经营期的起止时间。

小贴士：制造业、科学研究和技术服务业、软件和信息技术服务业、生态保护和环境治理业以及房地产开发经营业会涉及。

参考文件：《财政部 税务总局关于完善增值税期末留抵退税政策的公告》（财政部 税务总局公告2025年第7号）第三条、第四条。