个人独资企业将资产、负债等一并转让给有限公司，增值税、所得税的处理您参考：
1、增值税方面
国家税务总局公告2011年第13号规定：纳税人在资产重组过程中，通过合并、分立、出售、置换等方式，将全部或者部分实物资产以及与其相关联的债权、负债和劳动力一并转让给其他单位和个人，不属于增值税的征税范围，其中涉及的货物转让，不征收增值税。个人理解若个人独资企业符合上述文件规定情况的，涉及的货物转让，可以不征收增值税。但实务中针对个人独资企业的资产负债等转让，业务比较特殊，是否属于企业重组并没有明确规定，建议您看下主管税局的具体认定更稳妥呢。
2、所得税方面
个人独资企业转让资产负债等，需要按照“财产转让所得”计算个人所得税，并没有任何优惠政策。