☆营利性医疗机构增值税税负率偏低不代表一定有问题，但如果和同区同行税负率差异较大，容易引起税局关注。您可以参考以下方面结合实际业务做好分析应对：
1、关注企业登记行业代码是否和实际经营相匹配，若有差异及时做变更登记。
2、关注是否存在已经发生增值税纳税义务但未申报的销售收入。比如：未开具发票的销售收入，也需要申报纳税。
3、关注是否存在不允许抵扣的进项税额，未做进项转出，比如用于免税项目、简易征收项目、集体福利，非正常损失的进项，需要做进项税额转出。
4、发票已取消认证期限，建议结合税负率情况，合理安排认证抵扣的进项税额，使税负趋于稳定。
5、如果销项和进项申报没有问题，可以分析下税负率低的原因，留存相关资料备查，比如：
①是否属于初创期企业、或者有大量的存货购进、购进大额固定资产等情况，导致进项多，销项少，从而拉低了税负率。
②是否因为享受增值税优惠而降低税负，比如：符合条件的医疗机构提供的医疗服务免征增值税，可以分析下免税业务的占比，若免税业务销售额占比很大，会拉低企业整体的税负。
③是否存在提供的医疗服务不符合免税条件需要按6%税率纳税，但相应的医用材料器具等可以抵扣的高税率进项税额占比过大。
您可以点击参考：（财税[2016]36号附件三第一条第（七）项）规定的医疗机构提供的医疗服务可免征增值税的条件要求。