农产品发票上有免税的，也有不免的，区分两种情况：

1、第一种：农产品普通发票上有多行，有免税有不免的，若企业取得的是原税控系统开具的纸质普通发票或增值税电子普通发票，对于属于自产自销免税的行次是可以抵扣的，若取得的是数电票，因未通过农产品特定业务开具，没有“自产农产品销售”标签，即使是免税的行次也是不能进项抵扣的。

2、第二种：取得多张农产品发票，有的发票上是免税的，有的是带税率的，那就看发票是否可以进项抵扣，根据单张发票去判断是否可以抵扣，确定是否抵扣时可以参考[link]可以抵扣的农产品发票有哪些[/link]