一个自然人成立两个个体户，“投资者减除费用”参考以下方式扣除：

1、不涉及综合所得的，需要在一个查账征收的个体户扣除，预缴和汇算时均可以；若均是核定征收的个体户，则不可以扣除。

2、涉及综合所得的，可以选择在综合所得扣除，预缴和汇算时均可以；也可以选择在一个查账征收的个体户扣除，仅在汇算时可以扣除。

小贴士：预缴时，“投资者减除费用”=本年实际经营月份数×5000元计算。