企业购进药品取得3%税率发票，再销售时的增值税税率区分以下情况：

1、企业本身是小规模纳税人，再销售时增值税税率是3%（2027年12月31日前减按1%）；

2、企业本身是一般纳税人，如购进的是可以享受简易计税的罕见药品（财税[2019]24号）、抗癌药品（财税[2018]47号），再销售时仍可享受简易计税，增值税征收率依然是3%；如果购进药品不属于简易计税范围，即便从小规模纳税人处取得3%征收率的发票，再销售时增值税税率仍是13%。

注： 当一般纳税人同时经营多种罕见病药品，应当对全部罕见病药品选择简易计税，不能只对其中某一种或多种罕见病药品选择简易计税。

参考文件：《财政部 税务总局关于增值税法施行后增值税优惠政策衔接事项的公告》（财政部 税务总局公告2026年第10号）；《增值税法相关政策适用问题即问即答》2026-05-26发布第5问。