发票勾选平台中显示与企业经营无关的增值税专用发票，若处理妥善的话，对公司没有太大影响。

可以向企业内部人员核实下发票的来历，尽量联系销售方红冲；若联系不上或者销售方不配合的话，企业可以做不抵扣勾选，或者对该类发票建立登记台账，并留存与销售方的沟通记录等相关资料备查。

后续规范内控管理，要求企业人员不得随意开具公司名称的发票，从源头上避免该类情况的发生。