根据国税函【2007】1240号文件的规定，纳税人善意取得虚开的增值税专用发票被依法追缴已抵扣税款的，不属于税收征收管理法第三十二条“纳税人未按照规定期限缴纳税款”的情形，不适用该条“税务机关除责令限期缴纳外，从滞纳税款之日起，按日加收滞纳税款万分之五的滞纳金”的规定。但是对于其他情形下形成的失控发票如何处理并没有做出规定，实务中需要以所属税务机关的要求为准。

参考文件：《关于纳税人善意取得虚开增值税专用发票已抵扣税款加收滞纳金问题的批复》（国税函【2007】1240号）