物业公司因业主未做防水等原因扣的装修保证金并不是因为物业公司和业主发生服务产生的，所以不需要缴纳增值税。

了解：业主房屋装修可能会使邻居等他人造成损害，此时物业不好介入，为了更好协调以及防范此种纠纷产生，物业公司一般会收取装修保证金，未按规定装修会造成保证金扣款，但法律中未规定物业公司可以收保证金。

参考文件：《中华人民共和国物业管理条例》（中华人民共和国国务院令 第698号） 第五十二条 业主需要装饰装修房屋的，应当事先告知物业服务企业。 物业服务企业应当将房屋装饰装修中的禁止行为和注意事项告知业主。