​农产品核定扣除的企业，已经按照税法规定的扣除率核定扣除进项税额，不可以再加计扣除1%进项。

具体扣除方法，您可以参考：《财政部 国家税务总局关于简并增值税税率有关政策的通知》（财税【2017】37号）第二条第（三）款