取得农产品增值税专用发票用于深加工，可以加计抵扣，具体可参考：
1、取得9%的农产品专票：购进农产品，按照一般纳税人开具的增值税专用发票上注明的税额（9%）作为进项税额，纳税人购进用于生产或者委托加工13%税率货物的农产品，在生产领用当期，可以加计抵扣1%。
2、取得3%的农产品专票：从按照简易计税方法依照3%征收率计算缴纳增值税的小规模纳税人取得增值税专用发票的，以增值税专用发票上注明的金额和9%的扣除率计算进项税额，纳税人购进用于生产或者委托加工13%税率货物的农产品，在生产领用当期，可以加计抵扣1%。
温馨提示：既用于生产销售或委托受托加工13%税率货物又用于生产销售其他货物服务、未分别核算的，统一以增值税专用发票上注明的税额为进项税额。
政策依据：《财政部 国家税务总局关于简并增值税税率有关政策的通知》（财税[2017]37号）。