房地产企业棚户区改造项目回迁房应按规定进行土地增值税清算，不享受免征土地增值税的规定。

小贴士：房地产企业用建造的本项目房地产安置回迁户的，安置用房视同销售处理，确认收入同时确认拆迁补偿费。此外对于差价款部分，如果房地产开发企业支付给回迁户的补差价款，计入拆迁补偿费；如果回迁户支付给房地产开发企业的补差价款，应抵减本项目拆迁补偿费。

参考文件：《国家税务总局关于土地增值税清算有关问题的通知》（国税函【2010】220号）第六条。