商业医疗保险赔付金额不影响大病医疗专项附加扣除，符合条件的费用支出，可以正常扣除。

注：在一个纳税年度内，纳税人发生的与基本医保相关的医药费用支出，扣除医保报销后个人负担（指医保目录范围内的自付部分）累计超过15000元的部分，由纳税人在办理年度汇算清缴时，在80000元限额内据实扣除。

政策依据：《国务院关于印发个人所得税专项附加扣除暂行办法的通知》（国发[2018]41号）第十一条。