医院核定征收水污染物应纳税额计算如下：

水污染物应纳税额=水污染当量数×单位税额；

水污染当量数=污染排放特征值（污水排放量/床位）÷污染当量值；

污水排放量=实际用水量×污水折算系数。

提醒：污染当量值参考政策附件《禽畜养殖业、小型企业和第三产业水污染物当量值》；污水折算系数为0.85。

政策依据：《河北省地方税务局 河北省环境保护厅关于发布《河北省环境保护税核定征收管理办法》的公告》（河北省地方税务局 河北省环境保护厅公告2018年第1号）第八条（二）、第九条。