分公司的应付款项可以由总公司支付。
由于分公司不具有独立的法人资格，没有自己独立的财产，考虑到分公司这些特殊性，分公司的应付款项由总公司支付，一般问题不大。但是建议尽量还是分公司的应付款项由分公司支付，分公司财产不足时可以向总公司申请划转，然后再行支付。