小规模纳税人时期签订的房屋租赁合同，登记为一般纳税人后，开具发票的适用税率需要根据纳税义务时间确定：
1、纳税义务发生时间属于小规模纳税人期间的，适用5%征收率；
2、纳税义务发生时间属于一般纳税人生效期间的，采用简易计税方法的适用5%的征收率（2016年4月30日前取得的不动产）、采用简易计税方法的适用1.5%的征收率（住房租赁企业向个人出租住房）、采用一般计税方法的适用9%的征收率。
出租房屋的纳税义务时间需要分情况来确定：
①租赁服务采取预收款方式的，其纳税义务发生时间为收到预收款的当天；
②先开具发票的，为开具发票的当天；
③如果不是1和2两种情况，发生出租行为且收讫款项的当天为纳税义务时间，没有收讫款项，在发生出租行为且取得销售款凭据的当天为纳税义务时间。
注：取得索取销售款项凭据的当天，是指书面合同确定的付款日期；未签订书面合同或者书面合同未确定付款日期的，为服务、无形资产转让完成的当天或者不动产权属变更的当天。
参考文件：财税【2016】36号附件1第四十五条和附件2第一条第九款第一项；财政部 税务总局 住房城乡建设部公告2021年第24号第一条。