房地产开发企业办理土地增值税清算时，工程造价成本依据合法有效凭证据实扣除，存在下列情形之一的，税务机关可以对其清算项目的工程造价成本，按照《福建省房地产开发项目工程造价计税成本标准（分地市分年度）》（以下简称《工程造价计税成本标准》）核定扣除：

（一）办理清算附送凭证或者资料不符合清算要求，经税务机关通知限期补正，逾期未补正或者补正后仍不符合要求的；

（二）清算申报的工程造价成本扣除金额，高于按照《工程造价计税成本标准》测算的金额，又无正当理由的。

注：税务机关对工程造价委托鉴定的，以鉴定意见作为是否有正当理由的判断依据。因房地产开发企业的原因造成无法进行工程造价鉴定的，视为无正当理由。

参考文件：《国家税务总局福建省税务局关于土地增值税清算中工程造价成本核定扣除等问题的公告》（国家税务总局福建省税务局公告2019年第12号）。