职工报销医药费应当分情况处理：

情况一：企业已为职工办理医疗保险，则职工患疾病应当由医疗保险经办机构办理相应额度的报销手续，获得一定数额补偿，此笔款项不应由企业报销，若职工将医保不予报销票据到企业报销支取，应当作为个人所得计征个人所得税。

情况二：企业未为职工办理医疗保险，或者虽然办理了医疗保险，但所患为重大疾病，医保报销比例极低，这类情况企业根据实际情况给予一定数额报销，同时附有相应证明真实性的凭证，则可以作为生活困难补助免予征收个人所得税。

情况三：如果是属于企业为员工报销的人人有份的福利性支出，不属于免税的生活困难补助的话，应并入报销当月员工的工资、薪金计征个人所得税。