公司改造的闲置厂房如果属于保障性租赁住房且取得了保障性租赁住房项目认定书，向员工出租涉及的房产税可以减按4%征收。保障性租赁住房项目认定书由市、县人民政府组织有关部门联合审查建设方案后出具。
参考文件：《财政部 税务总局 住房城乡建设部关于完善住房租赁有关税收政策的公告》（2021年第24号）规定，利用非居住存量土地或非居住存量房屋（含商业办公用房、工业厂房改造后出租用于居住的房屋）建设的保障性租赁住房，取得保障性租赁住房项目认定书后，比照适用本公告第二条规定的税收政策，具体为：企事业单位、社会团体以及其他组织向个人、专业化规模化住房租赁企业出租上述保障性租赁住房，减按4%的税率征收房产税。