企业需要结合自身实际情况进行分析和选择：
1、选择申请增值税留抵退税的优点：企业能够充分消化前期产生的增值税留抵税额，提高资金使用效率，资金紧缺时可缓解融资压力，降低企业的融资成本；
若企业预计未来会长期留抵，不会产生应纳税额，可以选择申请留抵退税。
2、选择申请增值税留抵退税的缺点：企业一旦选择适用增值税留抵退税政策，将无法再享受即征即退、先征后返（退）政策，后续生产经营过程中如果产生入库税款，实际税负率可能相对较高。
若企业留抵税额较小，且无资金流压力，后续也会有销项需要抵减，可以考虑不申请留抵退税；或者企业想享受即征即退、先征后返（退）政策的，可以不享受留抵退税优惠。
总结：企业应该结合自身实际情况，提前做好测算，做好方案设计；不仅要考虑取得退税款的当期现金流情况，还应综合考量后期的资金流。