该情况一般是以甲公司的名义和银行签订的借款合同，所以需要由甲公司向银行偿还。乙公司需要承担的部分可以理解是乙公司向甲公司借款。甲公司会计分录参考如下：

甲公司向银行借款100万（实际是甲乙公司各借50万），假设借款期限1年

借：银行存款 100万

贷：短期借款 100万

把属于乙公司的50万打给乙公司

借：其他应收款 50万

贷：银行存款 50万

支付100万借款对应的利息

借：财务费用

贷：应付利息

此处需要取得银行开具的利息发票

收到乙公司的利息

借：银行存款

贷：财务费用或其他业务收入

应交税费-应交增值税（销项税额）/应交税费-应交增值税（小规模增值税）

此处甲公司需要给乙公司开具贷款服务发票

需要留存的凭证包括但不限于：甲公司和银行的借款合同、甲公司和乙公司的借款合同、银行开具的利息发票、甲公司开给乙公司的利息发票、甲乙公司的还款记录、其他能够证明该笔借款及还款情况的资料。

注：若甲乙公司之间的借款属于集团公司内的统借统还业务，甲公司按不高于支付给金融机构的借款利率水平，向乙公司收取的利息，免征增值税。