自然人股东从被清算企业分得剩余财产，应当视为一次转让全部股权的行为，以其分得的剩余资产的全部金额，减除股权原值和合理费用后的余额为应纳税所得额，按“财产转让所得”缴纳个人所得税。

参考文件：《国家税务总局关于个人终止投资经营收回款项征收个人所得税问题的公告》（国家税务总局公告2011年第41号）。