个人股东由于撤资从被投资企业分回的资产，超过投资成本的部分应该全部确认为财产转让所得，按20%的比例税率缴纳个人所得税。
应纳税所得额的计算公式如下：
应纳税所得额＝个人取得的股权转让收入、违约金、补偿金、赔偿金及以其他名目收回款项合计数-原实际出资额（投入额）及相关税费
举例：甲乙2个自然人各投资50万成立某公司，注册资本为100万，两人分别占公司50%股份。现甲乙进行减资，减资后公司的注册资本为50万，甲的占比为40%，分回给甲40万，不考虑其他情况，计算甲应缴纳的个人所得税。
甲应缴纳的个人所得税为：{40万-[50万-（50万×40%）]}×20%=2万
参考文件： 国家税务总局关于个人终止投资经营收回款项征收个人所得税问题的公告（国家税务总局公告2011年第41号）。