进行土地增值税清算时可以扣除的项目有：

1、取得土地使用权所支付的金额；

2、开发土地的成本、新建房及配套设施的成本；

3、开发土地的费用、新建房及配套设施的费用；或者旧房及建筑物的评估价格；

4、与转让房地产有关的税金；

5、财政部规定的其他扣除项目（对从事房地产开发的纳税人可按上述1、2项金额之和，加计20％扣除）。

参考文件：《土地增值税暂行条例》（国务院令第138号）第六条；《土地增值税暂行条例实施细则》第七条第（六）项。