房地产开发企业缴纳的市政配套费如果包含在土地转让合同中，且取得省级以上（含省级）财政部门监（印）制的财政票据的可以进行差额扣除。

了解：房地产开发企业中的一般纳税人销售其开发的房地产项目（选择简易计税方法的房地产老项目除外），以取得的全部价款和价外费用，扣除受让土地时向政府部门支付的土地价款后的余额为销售额。

“向政府部门支付的土地价款”，包括土地受让人向政府部门支付的征地和拆迁补偿费用、土地前期开发费用和土地出让收益等。

参考文件：《财政部国家税务总局关于全面推开营业税改征增值税试点的通知》（财税【2016】36号)。