深圳市增值税汇总申报的分支机构，使用发票规则如下：
1、已批准汇总申报纳税的分支机构发票的领购、缴销、认证等管理工作统一由总机构负责，自汇总申报纳税生效之日起，分支机构应当缴销结存发票。
2、以总机构名义开具发票。
3、不得向税务机关申请领购或代开发票。
4、汇总申报纳税单位之间移送货物不得开具发票。
参考文件：《深圳市国家税务局 深圳市财政委员会关于纳税人总分支机构汇总申报缴纳增值税消费税管理办法的公告》（深圳市国家税务局公告2016年第3号）第五条（四）款