根据国税地字[1988]第15号 国家税务局关于检发《关于土地使用税若干具体问题的解释和暂行规定》的通知，土地使用税由拥有土地使用权的单位或个人缴纳。

因此，即使约定了由承租方负担土地使用税，其纳税义务人仍然是出租方。

如果企业约定了由承租方承担并且申报土地使用税，是否适用免税政策，需要与主管税务机关确认。