房地产企业转让不动产预缴的增值税按照规定是在纳税义务发生时才可以进行抵减的，目前不同地区有不同的处理方式：

1、有的地区认为预缴的增值税抵减的是当期增值税的应纳税额，不用区分是哪个项目的应纳税额；

2、有的地区认为预缴的增值税抵减的是相应项目发生纳税义务时应该缴纳的税款，不能混项目进行抵减。

提醒：建议您跟当地税局确认一下，以税局的要求为准哦~

举个例子：

某房地产开发企业，有A、B两个项目，A项目预缴了增值税，但是没有发生纳税义务，B项目纳税义务发生了，之前也预缴了税款，不考虑其他情况。在申报增值税时，一种说法是：B项目的应纳税额可以抵减的是B项目预缴的税款，A项目预缴的税款需要等到A的纳税义务发生时才能抵减；另外一种说法是，现在B项目的应纳税额可以用A项目和B项目预缴的增值税来抵减，不用必须等到A项目纳税义务发生时才抵减A项目预缴的增值税。

房地产企业转让不动产预缴的增值税可以抵减当期的应纳税额，不用区分项目进行抵减。

举个例子：

某房地产开发企业，有A、B两个项目，A项目预缴了增值税，但是没有发生纳税义务，B项目纳税义务发生了，不考虑其他情况。在申报增值税时，B项目的应纳税额可以用A项目预缴的增值税来抵减，不用必须等到A项目纳税义务发生时才抵减A项目预缴的增值税。