企业已办理出口退税，后发现不能收汇，税务上的处理您参考：

1、若符合视同收汇所列原因的，留存《出口业务收汇情况表》及举证材料，即可视同收汇；

2、若不符合视同收汇情况，需要做免税处理，并且于次年5月份用负数申报冲减原退（免）税申报数据，当期退（免）税额不足冲减的，应补缴差额部分的税款。

参考文件：财政部 税务总局关于出口业务增值税和消费税政策的公告（财政部 税务总局公告2026年第11号 ）第六条、第九条。