需要区分以下情况：
情况一：若分公司原有存货等资产、债权、债务以及劳动力一并转入了总公司，那么总公司申报财报时，按分公司转移后的相关数据进行填报；
情况二：若分公司原有存货等资产、债权、债务以及劳动力未转入总公司，那么总公司申报财报时，不含该分公司的数据；
情况三：若分公司自行清算，结清债权债务，结清税款后，将净资产或负债转移给总公司的，那么总公司申报财报时，按分公司转移后的相关数据进行填报。
注：分公司注销清算一般有两种方式，一种是自行清算，一种是分公司原有存货等资产、债权、债务以及劳动力一并转入总公司，也就是情况一、三这两种，资产负债等都是转移到总公司的，那么总公司报表也会体现这些数据。若存在分公司注销前将资产等转移到其他分公司情形的，可参考情况二。