增值税是流转税，本单位自产自销农产品虽用于深加工，但未发生流转，因此未产生增值税，也就不涉及进项抵扣，但在自产农产品过程中产生的进项税可以抵扣。

参考政策：《中华人民共和国增值税暂行条例》（国务院令2008年第538号）第八条 纳税人购进货物或者接受应税劳务(以下简称购进货物或者应税劳务)支付或者负担的增值税额，为进项税额。