企业发生股权投资损失需留存的资料如下：

1、股权投资计税基础证明材料；

2、被投资企业破产公告、破产清偿文件；

3、工商行政管理部门注销、吊销被投资单位营业执照文件；

4、政府有关部门对被投资单位的行政处理决定文件；

5、被投资企业终止经营、停止交易的法律或其他证明文件；

6、被投资企业资产处置方案、成交及入账材料；

7、企业法定代表人、主要负责人和财务负责人签章证实有关投资（权益）性损失的书面申明；

8、会计核算资料等其他相关证据材料。

参考文件：《企业资产损失所得税税前扣除管理办法》（国家税务总局公告2011年第25号）第四十一条。