☆总公司支付的土地价款拿地，分公司开发，是否可以由分公司在进行土地增值税清算时扣除土地价款，可以参考以下情形：
情形一：总公司在拿地的前期已经在摘地说明中明确由分公司进行后续操作，并且取得的土地价款凭证已经更改成分公司的，分公司在进行土地增值税清算时是可以扣除这部分土地价款的；
情形二：没有按照情形一的方式处理，取得的土地价款凭证还属于总公司时，最好是和所属税局沟通，看能否用总公司的拿地合同、财政票据、契税完税凭证等资料，让分公司扣除这部分土地价款。